仏習合思想の影響で、かつては御嶽大権現と称しまし た。
慶長期には、街道の宿場町『松戸宿』として賑わうなかで、水戸徳川家からも崇拝を受け、数多の奉納品(御神 宝)が納められました。
それ以前の北条氏(小田原)、千葉家高城領主(下総)より納められた古文書等も宝蔵されたと伝わるも、元文4(1739)年の大火災により悉く焼失し、その後、再建されました。
本殿は約300年前の建築です。
明治15(1882)年には『松戸神社』へと改称するにあたって、有栖川宮幟仁親王殿下より社号の書の御染筆を賜りました。
また、明治39(1906)年には、神饌幣帛料を 供進されました。
平成18(2006)年に、三笠宮崇仁親王 殿下御参拝を賜り、境内は社務所前にて高野槇をお手植え頂きました。
平成22(2010)年には、当神社の氏子であ る山崎直子宇宙飛行士が、神幸祭・四神お守りを携えて 宇宙へと飛び立ち、任務を達成し帰還されました
